摘要：華為生科云解決方案，由工作流彈性計(jì)算云對象云存儲(chǔ)線下數(shù)據(jù)寄送服務(wù)四部分組成，為客戶提供端到端的解決方案，助力中國科研數(shù)據(jù)分析，演繹了生物與計(jì)算的完美結(jié)合。

隨著互聯(lián)網(wǎng)的普及和技術(shù)的發(fā)展，大數(shù)據(jù)和云計(jì)算已經(jīng)滲透在人們的生活的各個(gè)方面，在金融，零售，能源，交通等領(lǐng)域已經(jīng)得到廣泛應(yīng)用。而對于生物信息來說，生物的DNA、基因序列、生物芯片等無時(shí)無刻不產(chǎn)生新的數(shù)據(jù)；比如說，DNA測序每年能夠產(chǎn)生大約150億兆（PB級）的數(shù)據(jù)，如果將這些數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在DVD中，那么刻錄出來的DVD能夠達(dá)2.5英里高。生命科學(xué)的數(shù)據(jù)來源和形式多樣，包括基因測序、分子通道、不同的人群等。每個(gè)臨床試驗(yàn)需要千上萬病患的數(shù)年統(tǒng)計(jì)資料，而DNA測序的每個(gè)樣本產(chǎn)生的數(shù)據(jù)則以兆兆位計(jì)算；如果能高效、高速地利用這些大數(shù)據(jù)，無疑將為生命科學(xué)領(lǐng)域帶來無限機(jī)遇，但如何分析利用也帶來了全新挑戰(zhàn)。生物云計(jì)算便能很好的解決這些問題；

1）云存儲(chǔ)：利用世界上成百上千臺(tái)服務(wù)器云，通過分布式計(jì)算系統(tǒng)，取得廉價(jià)、便捷的服務(wù)；

2）云計(jì)算與大數(shù)據(jù)分析：通過大數(shù)據(jù)處理軟件將復(fù)雜，繁瑣的數(shù)據(jù)通過可視化，簡單化的方式呈現(xiàn)出分析結(jié)果。

大數(shù)據(jù)，云計(jì)算，生物醫(yī)學(xué)——三個(gè)炙手可熱的關(guān)鍵字和在一起會(huì)是什么效果？從應(yīng)用角度出發(fā)，這個(gè)可以是SaaS，可以是PaaS；下面介紹一些國內(nèi)外的生物云計(jì)算公司，從四個(gè)方面來重點(diǎn)介紹一下在云出現(xiàn)的比較有影響的在云端生物學(xué)大數(shù)據(jù)的應(yīng)用。這四個(gè)方面分別是基因測序，臨床藥物研發(fā)管理以及健康管理。

1） DNAnexus
DNAnexus 是一家致力于打造云端 DNA 數(shù)據(jù)庫的創(chuàng)業(yè)公司，并把這些數(shù)據(jù)提供給研究人員和科學(xué)家。目的是將更多基因存儲(chǔ)至云端，實(shí)現(xiàn)基因的便捷的訪問和對比分析。該項(xiàng)目同時(shí)還提供人類基因數(shù)據(jù)備份，基因檢索和配對等。通過檢索和配對，醫(yī)生可以從數(shù)千萬的基因信息中找到對病人有效的藥物。目前 DNAnexus 的用戶已經(jīng)包括斯坦福大學(xué)和哈佛大學(xué)等高校，制藥公司，某些醫(yī)生也會(huì)通過DNA 信息來診斷病情。公司提供的服務(wù)初衷解決在實(shí)驗(yàn)室經(jīng)過測序儀大量數(shù)據(jù)的問題，人類基因測一次數(shù)據(jù)，原始數(shù)據(jù)在100個(gè)G到600個(gè)G之間，通過服務(wù)導(dǎo)入到云服務(wù)平臺(tái)，后來提供了非常靈活的多樣化的各類各樣的關(guān)于數(shù)據(jù)的測序分析和比對的工作流程，數(shù)據(jù)可以有效的管理起來，并且測序結(jié)果能夠很好的以用戶很好的形式展現(xiàn)出來。該公司獲得Google領(lǐng)投的1500萬美元的融資。2014年1月，Google基因組開啟了基因組云存儲(chǔ)服務(wù)，目前谷歌基因組存儲(chǔ)數(shù)據(jù)費(fèi)用為100GB數(shù)據(jù)25美元一年，可滿足單個(gè)人的原始基因信息存儲(chǔ)。且在經(jīng)過谷歌特殊算法的處理后，可壓縮至1GB，費(fèi)用也將降至25美分。

2）Seven Bridges Genomics
SevenBridges Genomics是美國一家創(chuàng)業(yè)公司，主要提供基因排序研究和生物制藥產(chǎn)品服務(wù)，實(shí)現(xiàn)生物信息的可視化，數(shù)據(jù)分析等方面。Seven Bridges Genomics在人類基因組排序和分析中綜合應(yīng)用了云計(jì)算和NoSQL數(shù)據(jù)的技術(shù)，比如EC2、S3和MongoDB。為了降低數(shù)據(jù)存儲(chǔ)成本，他們還采用了Glacier。Seven Bridges PaaS提供了一個(gè)設(shè)置數(shù)據(jù)通道的界面，這些通道可以基于預(yù)定義的模型，也可以根據(jù)當(dāng)前任務(wù)進(jìn)行調(diào)整。

3）crossbow
Crossbow是一款能夠用于完整基因組重新排序分析的工具。經(jīng)過對多個(gè)類庫進(jìn)行整合，它可以借助AWS只花不到100美元的成本在3小時(shí)之內(nèi)分析完一個(gè)人類基因組。對于有志于從事生物信息的開發(fā)人員來說，這是一個(gè)非常好的工具。這是對全基因分析的流程軟件，它的意義在于原來開發(fā)之前，完成一個(gè)人健康分析的在單個(gè)服務(wù)器，這軟件通過亞馬遜云平臺(tái)上的Hodoop把時(shí)間縮小了。結(jié)果來看，它現(xiàn)在在32CPU核上任務(wù)壓縮3小時(shí)不到，整個(gè)成本不到100美元，這是眾多工作中的一部分。

4）Explorys
Explorys公司成立于2009年，是一家臨床醫(yī)療數(shù)據(jù)管理應(yīng)用公司，是克利夫蘭診所派生的創(chuàng)新公司。公司利用大數(shù)據(jù)提高醫(yī)療水平和服務(wù)質(zhì)量。公司通過最強(qiáng)大的醫(yī)療計(jì)算平臺(tái)把各個(gè)系統(tǒng)的數(shù)據(jù)聯(lián)系在一起，提供完整的臨床整合、高危人群管理、醫(yī)療費(fèi)計(jì)算解決方案以及業(yè)績計(jì)薪解決方案。該平臺(tái)擁有2050億臨床、財(cái)務(wù)、運(yùn)行數(shù)據(jù)元，覆蓋3800萬名患者、300家醫(yī)院、215,000多名醫(yī)療服務(wù)提供者。18家大型綜合醫(yī)療系統(tǒng)正在使用可靠的Explorys云計(jì)算平臺(tái)確定疾病的類型、治療方案和治療效果。它是基于私有云的模式，向第三方機(jī)構(gòu)提供服務(wù)，第三方機(jī)構(gòu)可以把自己臨床數(shù)據(jù)、運(yùn)維數(shù)據(jù)財(cái)務(wù)數(shù)據(jù)托管到這個(gè)平臺(tái)來，這個(gè)平臺(tái)提供較大的好處能實(shí)時(shí)提供數(shù)據(jù)分析，這個(gè)規(guī)模托管了1300萬人，大概4400億的內(nèi)容，數(shù)據(jù)規(guī)模在60個(gè)TB左右，2013年達(dá)到70個(gè)TB，頂層技術(shù)在Hodoop上走的。

5）Illumina
Illumina公司是遺傳變異和生物學(xué)功能分析領(lǐng)域的優(yōu)秀的產(chǎn)品、技術(shù)和服務(wù)供應(yīng)商。Illumina銷售各種各樣的DNA相關(guān)產(chǎn)品，包括基因測序儀器、分析相關(guān)數(shù)據(jù)的軟件和服務(wù)。通過幫助客戶加快實(shí)現(xiàn)生物信息的采集、分析和應(yīng)用，來改善人類健康。當(dāng)前，Illumina擁有基因組測序儀市場70%的份額。公司今年1月，Illumina發(fā)布了新款高端基因測序儀，可以準(zhǔn)確測出全基因組序列，而成本還不到1000美元。當(dāng)前，基因組測序已經(jīng)不再是一個(gè)簡單的研究工具，讀取人類全部DNA的費(fèi)用已經(jīng)降至足夠低，甚至可以用來解決一些醫(yī)療問題，并確定治療方案。

6）癌癥云存儲(chǔ)
2014年9月24日，美國癌癥研究中心在美國聯(lián)邦政府商務(wù)機(jī)會(huì)網(wǎng)站上發(fā)出公告，其于今年1月發(fā)起的癌癥基因組云計(jì)算平臺(tái)試驗(yàn)項(xiàng)目花落The Broad Institute，Institute for SystemsBiology和Seven Bridges Genomics, Inc.，三家分別獲得了700萬、650萬和580萬美元的資助。NCI啟動(dòng)此項(xiàng)目時(shí)發(fā)布的Broad Agency Announcement很好地闡述了一個(gè)大型科研機(jī)構(gòu)或科研項(xiàng)目對云計(jì)算生物信息系統(tǒng)在各個(gè)方面的要求，包括核心數(shù)據(jù)、架構(gòu)、計(jì)算服務(wù)、分析能力、權(quán)限管理、安全性、可擴(kuò)展、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)等等，并提出了如何從這些角度評價(jià)一個(gè)云計(jì)算生物信息系統(tǒng)的基本考慮。

中國生物云計(jì)算公司
在中國，在基因組學(xué)為代表的生物數(shù)據(jù)分析市場上，圍繞在我們身邊的似乎只有華大基因、諾禾致源、藥明康德、貝瑞和康、美吉生物…其實(shí)，這個(gè)市場遠(yuǎn)比我們想想的精彩。隨著以阿里云為代表的國內(nèi)公共云計(jì)算服務(wù)的成熟，以及AWS進(jìn)軍中國的腳步不斷向前，國內(nèi)基于云計(jì)算的生物數(shù)據(jù)分析創(chuàng)業(yè)公司也開始涌現(xiàn)，小編今天為大家詳細(xì)介紹下國內(nèi)云計(jì)算生物信息公司的情況：

1) 華大科技
華大科技基于成熟的商業(yè)云平臺(tái)和先進(jìn)的超算資源，為客戶提供涵蓋云計(jì)算、云存儲(chǔ)和云交付的一體化服務(wù)。目前主要有：生物信息分析整體解決方案（BGI Box），基于云的生物信息分析，數(shù)據(jù)云交付和數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站建立。

2）榮之聯(lián)
榮之聯(lián)手握當(dāng)下最熱門的云計(jì)算項(xiàng)目，成為IT板塊又一生力軍。榮之聯(lián)為數(shù)據(jù)中心解決方案產(chǎn)品化項(xiàng)目、營銷服務(wù)網(wǎng)絡(luò)擴(kuò)建項(xiàng)目、生物云計(jì)算數(shù)據(jù)中心開發(fā)和建設(shè)項(xiàng)目以及其他與主營業(yè)務(wù)相關(guān)的投入。以生物云作為突破口，憑借十多年的行業(yè)應(yīng)用經(jīng)驗(yàn)，榮之聯(lián)選擇了生物行業(yè)作為突破口。生物信息學(xué)屬于新興行業(yè)，一般傳統(tǒng)的想法認(rèn)為生物學(xué)研究還是在試驗(yàn)室里用試管進(jìn)行試驗(yàn)，其實(shí)現(xiàn)在已經(jīng)進(jìn)入到分子生物學(xué)階段，構(gòu)成DNA的堿基序列信息一旦從測序儀中測出來，后續(xù)大量的工作就基本上是計(jì)算機(jī)的工作了。如今，榮之聯(lián)正努力將華大基因建設(shè)生物云的經(jīng)驗(yàn)推廣到整個(gè)生物研究領(lǐng)域。除了生物云，榮之聯(lián)還在打造政府云、動(dòng)漫云等，并且致力于讓這些“云”落地。

3）基云惠康
公司專注于人的外顯子測序數(shù)據(jù)分析和全基因組測序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。Illumina專用于人全基因組測序的X Ten今年在國內(nèi)的測序設(shè)備市場上儼然就是高大上的代名詞，基云惠康專注于人的全基因組測序數(shù)據(jù)分析也是自然而然的選擇。外顯子測序數(shù)據(jù)分析應(yīng)該只是初創(chuàng)期順便做做的服務(wù)。

4）聚道科技
聚道科技（http://genedock.com）的創(chuàng)始人李夏戎是中科院自動(dòng)化所的博士，在阿里收購友盟之前是友盟的首席數(shù)據(jù)科學(xué)家。前阿里云ODPS的產(chǎn)品經(jīng)理，王樂珩也加盟了這個(gè)團(tuán)隊(duì)。在加入阿里云之前，王樂珩是中科院計(jì)算所pFind的項(xiàng)目經(jīng)理。移動(dòng)互聯(lián)網(wǎng)加云計(jì)算背景的團(tuán)隊(duì)殺進(jìn)生物數(shù)據(jù)領(lǐng)域，在投資人看來是熱門之選——百萬美金的投資應(yīng)該是已經(jīng)入袋。從其網(wǎng)站上的Demo來看，其作品很像Seven Bridges和DNANexus。

5）華為生物云
華為生物云聚焦國內(nèi)市場，適用于基因工程、蛋白質(zhì)工程、生物制藥等需要高性能計(jì)算的業(yè)務(wù)的華為生科云解決方案這次也為我們帶來了驚喜。華為生科云解決方案，由HPC工作流、彈性計(jì)算云、對象云存儲(chǔ)、線下數(shù)據(jù)寄送服務(wù)四部分組成，為客戶提供端到端的解決方案，助力中國科研數(shù)據(jù)分析，演繹了生物與計(jì)算的完美結(jié)合。