摘要:第三代基因測(cè)序技術(shù)革新云計(jì)算的應(yīng)用一位準(zhǔn)媽媽,在懷孕周時(shí),需要做唐氏兒的篩查,傳統(tǒng)唐篩的方式準(zhǔn)確率低,如果結(jié)果顯示危險(xiǎn)性高,那么準(zhǔn)媽媽還需要做羊膜穿刺等進(jìn)一步檢查。未來(lái)組目前已經(jīng)擁有兩臺(tái)第三代基因測(cè)序儀,而未來(lái)這一數(shù)字將增長(zhǎng)至五臺(tái)。
第三代基因測(cè)序技術(shù)革新 云計(jì)算的應(yīng)用
一位準(zhǔn)媽媽,在懷孕12-24周時(shí),需要做唐氏兒的篩查,傳統(tǒng)唐篩的方式準(zhǔn)確率低,如果結(jié)果顯示危險(xiǎn)性高,那么準(zhǔn)媽媽還需要做羊膜穿刺等進(jìn)一步檢查。
而今天,隨著基因測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,我們可以通過無(wú)創(chuàng)DNA檢測(cè)的方式,利用DNA測(cè)序?qū)δ阁w外周血漿中的游離DNA片段進(jìn)行測(cè)序,并將測(cè)序結(jié)果進(jìn)行生物信息分析,可以從中得到胎兒的遺傳信息,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)唐氏兒的精準(zhǔn)篩查。
結(jié)合DNA在轉(zhuǎn)錄蛋白質(zhì)時(shí)的對(duì)應(yīng)關(guān)系以及不同蛋白質(zhì)對(duì)人體的作用,科學(xué)家們已經(jīng)可以從DNA中解讀關(guān)于人類健康及遺傳的很多信息。這其中就包括后代出現(xiàn)某些遺傳缺陷的幾率,某種疾病在個(gè)體上發(fā)生的概率,個(gè)體對(duì)某些藥物或食物的潛在過敏反應(yīng)等等。
可以說(shuō)DNA的測(cè)序?qū)θ说慕】瞪詈蜕兄卮笠饬x,一次DNA測(cè)序就可以為個(gè)人或家庭提供一份詳盡的生活建議和指導(dǎo)。而這正是武漢未來(lái)組生物科技有限公司目前正在從事的工作。
基因測(cè)序領(lǐng)域中的IT挑戰(zhàn)
最新的第三代基因測(cè)序儀不僅測(cè)得更準(zhǔn),更可以大幅降低基因測(cè)序的成本?,F(xiàn)在,即便是普通家庭也可以幾乎沒有經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)的完成一次基因測(cè)序。而基因測(cè)序已經(jīng)成為中國(guó)人關(guān)注健康,提升生活品質(zhì)的流行手段。
個(gè)人基因測(cè)序市場(chǎng)規(guī)模的擴(kuò)展讓未來(lái)組的業(yè)務(wù)在短短幾年中取得了飛速的進(jìn)展。目前,未來(lái)組已經(jīng)發(fā)展為國(guó)內(nèi)最大的第三代基因測(cè)序公司。
不過蓬勃發(fā)展的個(gè)人基因測(cè)序業(yè)務(wù)和大量的科研工作也讓未來(lái)組的IT設(shè)施受到了巨大的挑戰(zhàn)。
雖然第三代基因測(cè)序儀可以同時(shí)進(jìn)行大量基因片段的快速測(cè)序,但由于人類DNA序列長(zhǎng)度達(dá)到30億,如果將其轉(zhuǎn)化為文本,那么這個(gè)文件最保守的大小也要達(dá)到3GB。而如果考慮到必要的冗余因素,這個(gè)文件的體積還要成倍的增加。如此規(guī)模的數(shù)據(jù)量對(duì)存儲(chǔ)系統(tǒng)的容量提出了極高的要求。
未來(lái)組目前已經(jīng)擁有兩臺(tái)第三代基因測(cè)序儀,而未來(lái)這一數(shù)字將增長(zhǎng)至五臺(tái)?;诂F(xiàn)有的業(yè)務(wù)增長(zhǎng)速率,這意味著僅在個(gè)人基因測(cè)序業(yè)務(wù)中,每天的數(shù)據(jù)產(chǎn)生量就高達(dá)300TB至600TB。
可以說(shuō)任何本地系統(tǒng)的擴(kuò)容速度都無(wú)法追上這種規(guī)模的數(shù)據(jù)增長(zhǎng)。唯一的出路只有云!
華為以全面IT技術(shù)助力健康新時(shí)代
經(jīng)過反復(fù)比對(duì)和考察,未來(lái)組最終選擇將華為云作為未來(lái)存儲(chǔ)的主陣地。
目前,未來(lái)組已經(jīng)與華為云合作打通了從測(cè)序儀到華為云端存儲(chǔ)的數(shù)據(jù)傳輸通道,測(cè)序儀得到的基因組數(shù)據(jù)可以直接存儲(chǔ)在華為云上。憑借華為云極強(qiáng)的資源拓展能力,大規(guī)模的基因測(cè)序工作不會(huì)再受到存儲(chǔ)系統(tǒng)容量的限制,未來(lái)組的業(yè)務(wù)發(fā)展也得到了有利的保障。
同時(shí),武漢未來(lái)組生物科技有限公司IT中心總監(jiān)朱贏也表示:在探索基因測(cè)序數(shù)據(jù)云端存儲(chǔ)方法的過程中,華為云提供了非常完善的技術(shù)支持服務(wù)。而華為云在業(yè)務(wù)上的響應(yīng)速度也是未來(lái)組所有接觸過的云服務(wù)商中最快的。這讓未來(lái)組與華為之間建立起了非常好的合作和信任關(guān)系。
不僅如此,未來(lái)組還正與華為在更多領(lǐng)域開展聯(lián)合探索:
在一個(gè)名為“華夏萬(wàn)人SV”的基因測(cè)序計(jì)劃中,樣本數(shù)量達(dá)到了空前的一萬(wàn)個(gè)。使用現(xiàn)有系統(tǒng),每個(gè)樣本都需要至少360個(gè)核小時(shí)來(lái)將DNA片段重組為完整的DNA序列,這意味著整個(gè)項(xiàng)目需要將近400萬(wàn)核小時(shí)的時(shí)間來(lái)完成計(jì)算。而通過使用華為提供的100臺(tái)32核心高性能服務(wù)器進(jìn)行72小時(shí)滿負(fù)荷測(cè)試,整個(gè)DNA片段重組需4萬(wàn)個(gè)核小時(shí)就可以完成全部計(jì)算工作,效率提升100倍。
同時(shí),未來(lái)組還在積極嘗試?yán)萌A為昆侖小型機(jī)產(chǎn)品所具備的海量?jī)?nèi)存來(lái)提升DNA片段重組計(jì)算任務(wù)的運(yùn)行效率。
朱贏表示:未來(lái),未來(lái)組還會(huì)嘗試使用華為云所提供的異構(gòu)計(jì)算服務(wù)來(lái)加速DNA片段重組的計(jì)算工作,并結(jié)合容器技術(shù)來(lái)進(jìn)一步提升效率?;谌A為云,未來(lái)組還將開發(fā)一套面向基因測(cè)序分析報(bào)告的移動(dòng)APP,讓用戶可以更方便、更快速的調(diào)取基因測(cè)序結(jié)果,獲得更好的用戶體驗(yàn)。
有人說(shuō)基因工程和生物科技很可能是第四次工業(yè)革命的主要方向,而現(xiàn)在,我們正站在這場(chǎng)革命的門口。
寫在最后,筆者認(rèn)為隨著生命科學(xué)領(lǐng)域的全面發(fā)展以及數(shù)據(jù)中心的全面云化,生命科學(xué)行業(yè)云化發(fā)展是大勢(shì)所趨。云計(jì)算的到來(lái),使數(shù)據(jù)以及計(jì)算全部可以在云上完成,滿足企業(yè)數(shù)據(jù)不下云,高效完成企業(yè)的計(jì)算需求,減少企業(yè)重資產(chǎn)以及維護(hù)的工作,使客戶更聚焦在自身的業(yè)務(wù)發(fā)展上。
在基因測(cè)序領(lǐng)域,以數(shù)據(jù)分析、云計(jì)算為主導(dǎo)的IT技術(shù)已經(jīng)成為驅(qū)動(dòng)行業(yè)創(chuàng)新、變革的重要因素??焖俚募夹g(shù)革新和應(yīng)用,使得醫(yī)生可以基于病患的基因信息、生活環(huán)境和生活方式,提供更為精準(zhǔn)的診斷和治療。通過強(qiáng)大的資源、完整而先進(jìn)的產(chǎn)品組合以及強(qiáng)大的服務(wù)能力,華為以及華為云正在為未來(lái)組這樣的生物科技公司鋪就一條混合IT的高速公路,讓更健康、更美好的未來(lái)能夠盡快到來(lái)。
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摘要:為推進(jìn)精準(zhǔn)醫(yī)療的深化應(yīng)用,去年,華大基因還和英特爾阿里云共建中國(guó)乃至亞太地區(qū)建立了首個(gè)定位精準(zhǔn)醫(yī)療應(yīng)用云平臺(tái)。云到端等技術(shù)創(chuàng)新,加上醫(yī)療和信息產(chǎn)業(yè)間的分工協(xié)作,無(wú)疑將推動(dòng)中國(guó)精準(zhǔn)醫(yī)療行業(yè)的整體發(fā)展。? 2016年是十三五的開局之年,也是中國(guó)醫(yī)療衛(wèi)生行業(yè)的關(guān)鍵一年?,F(xiàn)在看來(lái),也會(huì)是醫(yī)療行業(yè)和以大數(shù)據(jù)為代表的信息技術(shù)相互融合發(fā)展之年。今年4月,國(guó)務(wù)院辦公廳印發(fā)《深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革2016年重...
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