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云極高性能計算VASP EPC

ernest.wang / 2880人閱讀

摘要：本篇目錄安裝步驟安裝步驟軟件官網(wǎng)安裝步驟安裝步驟安裝步驟安裝依賴包下載并安裝下載并安裝安裝編譯安裝注冊并下載編譯以版本舉例將本文檔最下方的內(nèi)容在此目錄下保存到此目錄下，保存文件名為運行此處須將改為您的真實核數(shù)附錄

VASP

本篇目錄

安裝步驟

軟件官網(wǎng)：[www.vasp.at]

安裝步驟

安裝依賴包
yum -y install cmake pkgconfig
yum groupinstall "Development Tools"
yum install numactl-libs  numactl-devel  pandoc
下載Intel oneAPI base toolkit并安裝(Intel oneAPI)
wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/17226/l_BaseKit_b_2021.1.10.2261.sh
chmod +x l_BaseKit_b_2021.1.10.2261.sh
./l_BaseKit_b_2021.1.10.2261.sh
下載Intel HpcKit并安裝
wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/17229/l_HPCKit_b_2021.1.10.2477_offline.sh 
chmod +x l_HPCKit_b_2021.1.10.2477_offline.sh 
./l_HPCKit_b_2021.1.10.2477_offline.sh
安裝ucx
    git clone https://github.com/openucx/ucx.git ucx
    cd ucx
    ./autogen.sh
    mkdir build
    cd build
    ../configure --prefix=/opt/ucx
    make && make install
OpenMPI and OpenSHMEM 編譯安裝
    git clone https://github.com/open-mpi/ompi.git
    cd ompi
    ./autogen.pl
    mkdir build
    cd build
    ../configure --prefix=/opt/ompi --with-ucx=/opt/ucx
    make && make install

注冊并下載vasp

編譯vasp（以6.1.0版本舉例）

source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
cd vasp.6.1.0
將本文檔最下方的 makefile.include內(nèi)容在此目錄下保存到此目錄下，保存文件名為：makefile.include
make all

運行vasp：

/opt/ompi/bin/mpirun -np 32 --oversubscribe --mca pml ucx --mca btl ^uct -x UCX_NET_DEVICES=mlx5_0:1 --allow-run-as-root  /{your_vasp_path}/vasp.6.1.0/bin/vasp_std
#此處須將32改為您的真實核數(shù)

附錄（makefile.include）

# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST="LinuxIFC"
          -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collective 
          -DscaLAPACK 
          -DCACHE_SIZE=4000 
          -Davoidalloc 
          -Dvasp6 
          -Duse_bse_te 
          -Dtbdyn 
          -Dfock_dblbuf
CPP        = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)
FC         = mpiifort
FCL        = mpiifort -mkl=sequential
FREE       = -free -names lowercase
#FFLAGS     = -assume byterecl -w -xHOST
FFLAGS     = -assume byterecl -w -march=core-avx2
OFLAG      = -O2
OFLAG_IN   = $(OFLAG)
DEBUG      = -O0
MKLROOT    = /opt/intel/oneapi/mkl/latest
MKL_PATH   = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS       =
LAPACK     =
BLACS      = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)
OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o
INCS       =-I$(MKLROOT)/include/fftw
LLIBS      = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)
OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o
# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB    = $(CPP)
FC_LIB     = $(FC)
CC_LIB     = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB   = $(FREE)
OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o
# For the parser library
CXX_PARS   = icpc
LLIBS      += -lstdc++
# Normally no need to change this
SRCDIR     = ../../src
BINDIR     = ../../bin
#================================================
# GPU Stuff
CPP_GPU    = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK -Ufock_dblbuf
OBJECTS_GPU= fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o
CC         = icc
CXX        = icpc
CFLAGS     = -fPIC -DADD_ -Wall -qopenmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS
CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC       := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB   := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas
GENCODE_ARCH    := -gencode=arch=compute_30,code="sm_30,compute_30" 
                -gencode=arch=compute_35,code="sm_35,compute_35" 
                -gencode=arch=compute_60,code="sm_60,compute_60" 
                -gencode=arch=compute_70,code="sm_70,compute_70" 
                -gencode=arch=compute_72,code="sm_72,compute_72"
MPI_INC    = $(I_MPI_ROOT)/include64/

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