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資訊專欄INFORMATION COLUMN

媲美Pandas?告訴你Python的Datatable包到底怎么用!

KitorinZero / 3070人閱讀

摘要:幀的基礎(chǔ)屬性下面來介紹中的一些基礎(chǔ)屬性,這與中的一些功能類似。下面來看看如何在和中,通過對分組來得到列的均值分組分組代表什么在中,代表,它提供一種簡單的方式來引用當(dāng)前正在操作的幀。


作者 | Parul Pandey

【導(dǎo)讀】工具包 datatable 的功能特征與 Pandas 非常類似,但更側(cè)重于速度以及對大數(shù)據(jù)的支持。此外,datatable 還致力于實(shí)現(xiàn)更好的用戶體驗(yàn),提供有用的錯(cuò)誤提示消息和強(qiáng)大的 API 功能。通過本文的介紹,你將學(xué)習(xí)到如何在大型數(shù)據(jù)集中使用 datatable 包進(jìn)行數(shù)據(jù)處理,特別在數(shù)據(jù)量特別大的時(shí)候你可以發(fā)現(xiàn)它可能比 Pandas 更加強(qiáng)大。

前言

data.table 是 R 中一個(gè)非常通用和高性能的包,使用簡單、方便而且速度快,在 R 語言社區(qū)非常受歡迎,每個(gè)月的下載量超過 40 萬,有近 650 個(gè) CRAN 和 Bioconductor 軟件包使用它。如果你是 R 的使用者,可能已經(jīng)使用過 data.table 包。

而對于 Python 用戶,同樣存在一個(gè)名為 datatable 包,專注于大數(shù)據(jù)支持、高性能內(nèi)存/內(nèi)存不足的數(shù)據(jù)集以及多線程算法等問題。在某種程度上,datatable 可以被稱為是 Python 中的 data.table。

Datatable初教程

為了能夠更準(zhǔn)確地構(gòu)建模型,現(xiàn)在機(jī)器學(xué)習(xí)應(yīng)用通常要處理大量的數(shù)據(jù)并生成多種特征,這已成為必要的。而 Python 的 datatable 模塊為解決這個(gè)問題提供了良好的支持,以可能的最大速度在單節(jié)點(diǎn)機(jī)器上進(jìn)行大數(shù)據(jù)操作 (最多100GB)。datatable 包的開發(fā)由 H2O.ai 贊助,它的第一個(gè)用戶是 Driverless.ai。

接下來,我們就開始初體驗(yàn)一下 datatable 的簡單使用。

安裝

在 MacOS 系統(tǒng)上,datatable 包可以通過 pip 命令安裝,如下圖所示:

pip install datatable

在 Linux 平臺上,安裝過程需要通過二進(jìn)制分布來實(shí)現(xiàn),如下所示:

If you have Python 3.5pip install?https://s3.amazonaws.com/h2o-release/datatable/stable/datatable-0.8.0/datatable-0.8.0-cp35-cp35m-linux_x86_64.whl#?If you have Python 3.6pip install?https://s3.amazonaws.com/h2o-release/datatable/stable/datatable-0.8.0/datatable-0.8.0-cp36-cp36m-linux_x86_64.whl

很遺憾的是,目前 datatable 包還不能在 Windows 系統(tǒng)上工作,但 Python 官方也在努力地增加其對 Windows 的支持。更多的信息可以查看 Build instructions 的說明。

地址:https://datatable.readthedocs.io/en/latest/install.html

數(shù)據(jù)讀取

這里使用的數(shù)據(jù)集是來自 Kaggle 競賽中的 Lending Club Loan Data 數(shù)據(jù)集, 該數(shù)據(jù)集包含2007-2015期間所有貸款人完整的貸款數(shù)據(jù),即當(dāng)前貸款狀態(tài) (當(dāng)前,延遲,全額支付等) 和最新支付信息等。整個(gè)文件共包含226萬行和145列數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)量規(guī)模非常適合演示 datatable 包的功能。

Importing necessary Librariesimport numpy as npimport pandas as pdimport datatable as dt

首先將數(shù)據(jù)加載到 Frame 對象中,datatable 的基本分析單位是 Frame,這與Pandas DataFrame 或 SQL table 的概念是相同的:即數(shù)據(jù)以行和列的二維數(shù)組排列展示。

datatable 讀取%%timedatatable_df = dt.fread("data.csv")____________________________________________________________________CPU times: user 30 s, sys: 3.39 s, total: 33.4 s Wall time: 23.6 s

如上圖,fread() 是一個(gè)強(qiáng)大又快速的函數(shù),能夠自動(dòng)檢測并解析文本文件中大多數(shù)的參數(shù),所支持的文件格式包括 .zip 文件、URL 數(shù)據(jù),Excel 文件等等。此外,datatable 解析器具有如下幾大功能:

能夠自動(dòng)檢測分隔符,標(biāo)題,列類型,引用規(guī)則等。能夠讀取多種文件的數(shù)據(jù),包括文件,URL,shell,原始文本,檔案和 glob 等。提供多線程文件讀取功能,以獲得最大的速度。在讀取大文件時(shí)包含進(jìn)度指示器??梢宰x取 RFC4180 兼容和不兼容的文件。

pandas 讀取

下面,使用 Pandas 包來讀取相同的一批數(shù)據(jù),并查看程序所運(yùn)行的時(shí)間。

%%timepandas_df= pd.read_csv("data.csv")___________________________________________________________CPU times: user 47.5 s, sys: 12.1 s, total: 59.6 sWall time: 1min 4s

由上圖可以看到,結(jié)果表明在讀取大型數(shù)據(jù)時(shí) datatable 包的性能明顯優(yōu)于 Pandas,Pandas 需要一分多鐘時(shí)間來讀取這些數(shù)據(jù),而 datatable 只需要二十多秒。

幀轉(zhuǎn)換 (Frame Conversion)

對于當(dāng)前存在的幀,可以將其轉(zhuǎn)換為一個(gè) Numpy 或 Pandas dataframe 的形式,如下所示:

numpy_df = datatable_df.to_numpy()pandas_df = datatable_df.to_pandas()

下面,將 datatable 讀取的數(shù)據(jù)幀轉(zhuǎn)換為 Pandas dataframe 形式,并比較所需的時(shí)間,如下所示:

%%timedatatable_pandas = datatable_df.to_pandas()___________________________________________________________________CPU times: user 17.1 s, sys: 4 s, total: 21.1 sWall time: 21.4 s

看起來將文件作為一個(gè) datatable frame 讀取,然后將其轉(zhuǎn)換為 Pandas dataframe比直接讀取 Pandas dataframe 的方式所花費(fèi)的時(shí)間更少。因此,通過 datatable 包導(dǎo)入大型的數(shù)據(jù)文件再將其轉(zhuǎn)換為 Pandas dataframe 的做法是個(gè)不錯(cuò)的主意。

type(datatable_pandas)___________________________________________________________________pandas.core.frame.DataFrame

幀的基礎(chǔ)屬性

下面來介紹 datatable 中 frame 的一些基礎(chǔ)屬性,這與 Pandas 中 dataframe 的一些功能類似。

print(datatable_df.shape) # (nrows, ncols)print(datatable_df.names[:5]) # top 5 column namesprint(datatable_df.stypes[:5]) # column types(top 5)______________________________________________________________(2260668, 145)("id", "member_id", "loan_amnt", "funded_amnt", "funded_amnt_inv")(stype.bool8, stype.bool8, stype.int32, stype.int32, stype.float64)

也可以通過使用 head 命令來打印出輸出的前 n 行數(shù)據(jù),如下所示:

datatable_df.head(10)

注意:這里用顏色來指代數(shù)據(jù)的類型,其中紅色表示字符串,綠色表示整型,而藍(lán)色代表浮點(diǎn)型。

統(tǒng)計(jì)總結(jié)

在 Pandas 中,總結(jié)并計(jì)算數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)信息是一個(gè)非常消耗內(nèi)存的過程,但這個(gè)過程在 datatable 包中是很方便的。如下所示,使用 datatable 包計(jì)算以下每列的統(tǒng)計(jì)信息:

datatable_df.sum() datatable_df.nunique()datatable_df.sd() datatable_df.max()datatable_df.mode() datatable_df.min()datatable_df.nmodal() datatable_df.mean()

下面分別使用 datatable 和Pandas 來計(jì)算每列數(shù)據(jù)的均值,并比較二者運(yùn)行時(shí)間的差異。

datatable 讀取%%timedatatable_df.mean()_______________________________________________________________CPU times: user 5.11 s, sys: 51.8 ms, total: 5.16 sWall time: 1.43 s

Pandas 讀取pandas_df.mean()__________________________________________________________________Throws memory error.

可以看到,使用 Pandas 計(jì)算時(shí)拋出內(nèi)存錯(cuò)誤的異常。

數(shù)據(jù)操作

和 dataframe 一樣,datatable 也是柱狀數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。在 datatable 中,所有這些操作的主要工具是方括號,其靈感來自傳統(tǒng)的矩陣索引,但它包含更多的功能。諸如矩陣索引,C/C++,R,Pandas,Numpy 中都使用相同的 DT[i,j] 的數(shù)學(xué)表示法。下面來看看如何使用 datatable 來進(jìn)行一些常見的數(shù)據(jù)處理工作。

選擇行/列的子集

下面的代碼能夠從整個(gè)數(shù)據(jù)集中篩選出所有行及 funded_amnt 列:

datatable_df[:,"funded_amnt"]

這里展示的是如何選擇數(shù)據(jù)集中前5行3列的數(shù)據(jù),如下所示:

datatable_df[:5,:3]

幀排序

datatable 排序

在 datatable 中通過特定的列來對幀進(jìn)行排序操作,如下所示:

%%timedatatable_df.sort("funded_amnt_inv")_________________________________________________________________CPU times: user 534 ms, sys: 67.9 ms, total: 602 msWall time: 179 ms

Pandas 排序%%timepandas_df.sort_values(by = "funded_amnt_inv")___________________________________________________________________CPU times: user 8.76 s, sys: 2.87 s, total: 11.6 sWall time: 12.4 s

可以看到兩種包在排序時(shí)間方面存在明顯的差異。

刪除行/列

下面展示如何刪除 member_id 這一列的數(shù)據(jù):

del datatable_df[:, "member_id"]

分組 (GroupBy)

與 Pandas 類似,datatable 同樣具有分組 (GroupBy) 操作。下面來看看如何在 datatable 和 Pandas 中,通過對 grade 分組來得到 funded_amout 列的均值:

datatable 分組%%timefor i in range(100): datatable_df[:, dt.sum(dt.f.funded_amnt), dt.by(dt.f.grade)]____________________________________________________________________CPU times: user 6.41 s, sys: 1.34 s, total: 7.76 sWall time: 2.42 s

pandas 分組%%timefor i in range(100): pandas_df.groupby("grade")["funded_amnt"].sum()____________________________________________________________________CPU times: user 12.9 s, sys: 859 ms, total: 13.7 sWall time: 13.9 s

f 代表什么

在 datatable 中,f 代表 frame_proxy,它提供一種簡單的方式來引用當(dāng)前正在操作的幀。在上面的例子中,dt.f 只代表 dt_df。

過濾行

在 datatable 中,過濾行的語法與GroupBy的語法非常相似。下面就來展示如何過濾掉 loan_amnt 中大于 funding_amnt 的值,如下所示。

datatable_df[dt.f.loan_amnt>dt.f.funded_amnt,"loan_amnt"]

保存幀

在 datatable 中,同樣可以通過將幀的內(nèi)容寫入一個(gè) csv 文件來保存,以便日后使用。如下所示:

datatable_df.to_csv("output.csv")

有關(guān)數(shù)據(jù)操作的更多功能,可查看 datatable 包的說明文檔

地址:https://datatable.readthedocs.io/en/latest/using-datatable.html

總結(jié)

在數(shù)據(jù)科學(xué)領(lǐng)域,與默認(rèn)的 Pandas 包相比,datatable 模塊具有更快的執(zhí)行速度,這是其在處理大型數(shù)據(jù)集時(shí)的一大優(yōu)勢所在。然而,就功能而言,目前 datatable 包所包含的功能還不如 pandas 完善。相信在不久的將來,不斷完善的 datatable 能夠更加強(qiáng)大。

譯者 | linstancy

責(zé)編 | Jane

出品 | Python大本營(id:pythonnews)

本文所涉及的代碼可以從 Github 或 binder 上獲?。?/p>

Github 地址:https://github.com/parulnith/An-Overview-of-Python-s-Datatable-package)binder 地址:https://mybinder.org/v2/gh/parulnith/An-Overview-of-Python-s-Datatable-package/master?filepath=An%20Overview%20of%20Python%27s%20Datatable%20package.ipynb

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