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資訊專欄INFORMATION COLUMN

K近鄰算法的kd樹實(shí)現(xiàn)

diabloneo / 529人閱讀

摘要:近鄰算法的三要素值的選擇即分類決策時選擇個最近鄰實(shí)例距離度量即預(yù)測實(shí)例點(diǎn)和訓(xùn)練實(shí)例點(diǎn)間的距離,一般使用距離即歐氏距離分類決策規(guī)則。近鄰法的分類決策規(guī)則往往采用多數(shù)表決的方式,這等價于經(jīng)驗(yàn)風(fēng)險最小化。

k近鄰算法的介紹
k近鄰算法是一種基本的分類和回歸方法,這里只實(shí)現(xiàn)分類的k近鄰算法。
k近鄰算法的輸入為實(shí)例的特征向量,對應(yīng)特征空間的點(diǎn);輸出為實(shí)例的類別,可以取多類。
k近鄰算法不具有顯式的學(xué)習(xí)過程,實(shí)際上k近鄰算法是利用訓(xùn)練數(shù)據(jù)集對特征向量空間進(jìn)行劃分。將劃分的空間模型作為其分類模型。

k近鄰算法的三要素

k值的選擇:即分類決策時選擇k個最近鄰實(shí)例;

距離度量:即預(yù)測實(shí)例點(diǎn)和訓(xùn)練實(shí)例點(diǎn)間的距離,一般使用L2距離即歐氏距離;

分類決策規(guī)則。

下面對三要素進(jìn)行一下說明:
1.歐氏距離即歐幾里得距離,高中數(shù)學(xué)中用來計算點(diǎn)和點(diǎn)間的距離公式;
2.k值選擇:k值選擇會對k近鄰法結(jié)果產(chǎn)生重大影響,如果選擇較小的k值,相當(dāng)于在較小的鄰域中訓(xùn)練實(shí)例進(jìn)行預(yù)測,這樣有點(diǎn)是“近似誤差”會減小,即只與輸入實(shí)例較近(相似)的訓(xùn)練實(shí)例才會起作用,缺點(diǎn)是“估計誤差”會增大,即對近鄰的實(shí)例點(diǎn)很敏感。而k值過大則相反。實(shí)際中取較小的k值通過交叉驗(yàn)證的方法取最優(yōu)k值。
3.k近鄰法的分類決策規(guī)則往往采用多數(shù)表決的方式,這等價于“經(jīng)驗(yàn)風(fēng)險最小化”。

k近鄰算法的實(shí)現(xiàn):kd樹

實(shí)現(xiàn)k近鄰法是要考慮的主要問題是如何退訓(xùn)練數(shù)據(jù)進(jìn)行快速的k近鄰搜索,當(dāng)訓(xùn)練實(shí)例數(shù)很大是顯然通過一般的線性搜索方式效率低下,因此為了提高搜索效率,需要構(gòu)造特殊的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)對訓(xùn)練實(shí)例進(jìn)行存儲。kd樹就是一種不錯的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),可以大大提高搜索效率。
本質(zhì)商kd樹是對k維空間的一個劃分,構(gòu)造kd樹相當(dāng)與使用垂直于坐標(biāo)軸的超平面將k維空間進(jìn)行切分,構(gòu)造一系列的超矩形,kd樹的每一個結(jié)點(diǎn)對應(yīng)一個這樣的超矩形。
kd樹本質(zhì)上是一棵二叉樹,當(dāng)通過一定規(guī)則構(gòu)造是他是平衡的。
下面是過早kd樹的算法:

開始:構(gòu)造根結(jié)點(diǎn),根節(jié)點(diǎn)對應(yīng)包含所有訓(xùn)練實(shí)例的k為空間。 選擇第1維為坐標(biāo)軸,以所有訓(xùn)練實(shí)例的第一維數(shù)據(jù)的中位數(shù)為切分點(diǎn),將根結(jié)點(diǎn)對應(yīng)的超矩形切分為兩個子區(qū)域。由根結(jié)點(diǎn)生成深度為1的左右子結(jié)點(diǎn),左結(jié)點(diǎn)對應(yīng)第一維坐標(biāo)小于切分點(diǎn)的子區(qū)域,右子結(jié)點(diǎn)對應(yīng)第一位坐標(biāo)大于切分點(diǎn)的子區(qū)域。

重復(fù):對深度為j的結(jié)點(diǎn)選擇第l維為切分坐標(biāo)軸,l=j(modk)+1,以該區(qū)域中所有訓(xùn)練實(shí)例的第l維的中位數(shù)為切分點(diǎn),重復(fù)第一步。

直到兩個子區(qū)域沒有實(shí)例存在時停止。形成kd樹。

以下是kd樹的python實(shí)現(xiàn)
準(zhǔn)備工作
#讀取數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
def file2matrix(filename):
    fr = open(filename)
    returnMat = []          #樣本數(shù)據(jù)矩陣
    for line in fr.readlines():
        line = line.strip().split("	")
        returnMat.append([float(line[0]),float(line[1]),float(line[2]),float(line[3])])
    return returnMat
    
#將數(shù)據(jù)歸一化,避免數(shù)據(jù)各維度間的差異過大
def autoNorm(data):
    #將data數(shù)據(jù)和類別拆分
    data,label = np.split(data,[3],axis=1)
    minVals = data.min(0)     #data各列的最大值
    maxVals = data.max(0)       #data各列的最小值
    ranges = maxVals - minVals
    normDataSet = np.zeros(np.shape(data))
    m = data.shape[0]
    #tile函數(shù)將變量內(nèi)容復(fù)制成輸入矩陣同樣大小的矩陣
    normDataSet = data - np.tile(minVals,(m,1))        
    normDataSet = normDataSet/np.tile(ranges,(m,1))
    #拼接
    normDataSet = np.hstack((normDataSet,label))
    return normDataSet
//數(shù)據(jù)實(shí)例
40920    8.326976    0.953952    3
14488    7.153469    1.673904    2
26052    1.441871    0.805124    1
75136    13.147394    0.428964    1
38344    1.669788    0.134296    1
72993    10.141740    1.032955    1
35948    6.830792    1.213192    3
42666    13.276369    0.543880    3
67497    8.631577    0.749278    1
35483    12.273169    1.508053    3
//每一行是一個數(shù)據(jù)實(shí)例,前三維是數(shù)據(jù)值,第四維是類別標(biāo)記

樹結(jié)構(gòu)定義
#構(gòu)建kdTree將特征空間劃分
class kd_tree:
    """
    定義結(jié)點(diǎn)
    value:節(jié)點(diǎn)值
    dimension:當(dāng)前劃分的維數(shù)
    left:左子樹
    right:右子樹
    """
    def __init__(self, value):
        self.value = value
        self.dimension = None       #記錄劃分的維數(shù)
        self.left = None
        self.right = None
    
    def setValue(self, value):
        self.value = value
    
    #類似Java的toString()方法
    def __str__(self):
        return str(self.value)
kd樹構(gòu)造
def creat_kdTree(dataIn, k, root, deep):
    """
    data:要劃分的特征空間(即數(shù)據(jù)集)
    k:表示要選擇k個近鄰
    root:樹的根結(jié)點(diǎn)
    deep:結(jié)點(diǎn)的深度
    """
    #選擇x(l)(即為第l個特征)為坐標(biāo)軸進(jìn)行劃分,找到x(l)的中位數(shù)進(jìn)行劃分
#     x_L = data[:,deep%k]        #這里選取第L個特征的所有數(shù)據(jù)組成一個列表
    #獲取特征值中位數(shù),這里是難點(diǎn)如果numpy沒有提供的話
    
    if(dataIn.shape[0]>0):      #如果該區(qū)域還有實(shí)例數(shù)據(jù)就繼續(xù)
        dataIn = dataIn[dataIn[:,int(deep%k)].argsort()]       #numpy的array按照某列進(jìn)行排序
        data1 = None; data2 = None
        #拿取根據(jù)xL排序的中位數(shù)的數(shù)據(jù)作為該子樹根結(jié)點(diǎn)的value
        if(dataIn.shape[0]%2 == 0):     #該數(shù)據(jù)集有偶數(shù)個數(shù)據(jù)
            mid = int(dataIn.shape[0]/2)
            root = kd_tree(dataIn[mid,:])
            root.dimension = deep%k
            dataIn = np.delete(dataIn,mid, axis = 0)
            data1,data2 = np.split(dataIn,[mid], axis=0) 
            #mid行元素分到data2中,刪除放到根結(jié)點(diǎn)中
        elif(dataIn.shape[0]%2 == 1):
            mid = int((dataIn.shape[0]+1)/2 - 1)    #這里出現(xiàn)遞歸溢出,當(dāng)shape為(1,4)時出現(xiàn),原因是np.delete時沒有賦值給dataIn
            root = kd_tree(dataIn[mid,:])
            root.dimension = deep%k
            dataIn = np.delete(dataIn,mid, axis = 0)
            data1,data2 = np.split(dataIn,[mid], axis=0) #mid行元素分到data1中,刪除放到根結(jié)點(diǎn)中
        #深度加一
        deep+=1
        #遞歸構(gòu)造子樹
        #這里犯了嚴(yán)重錯誤,遞歸調(diào)用是將root傳遞進(jìn)去,造成程序混亂,應(yīng)該給None
        root.left = creat_kdTree(data1, k, None, deep)
        root.right = creat_kdTree(data2, k, None, deep)
    return root
前序遍歷測試
#前序遍歷kd樹
def preorder(kd_tree,i):
    print(str(kd_tree.value)+" :"+str(kd_tree.dimension)+":"+str(i))
    if kd_tree.left != None:
        preorder(kd_tree.left,i+1)
    if kd_tree.right != None:
        preorder(kd_tree.right,i+1)

kd樹的最近鄰搜索
最近鄰搜索算法,k近鄰搜索在此基礎(chǔ)上實(shí)現(xiàn)
原理:首先找到包含目標(biāo)點(diǎn)的葉節(jié)點(diǎn);然后從該也結(jié)點(diǎn)出發(fā),一次退回到父節(jié)點(diǎn),不斷查找與目標(biāo)點(diǎn)最近的結(jié)點(diǎn),當(dāng)確定不可能存在更近的結(jié)點(diǎn)是停止。
def findClosest(kdNode,closestPoint,x,minDis,i=0):
    """
    這里存在一個問題,當(dāng)傳遞普通的不可變對象minDis時,遞歸退回第一次找到
    最端距離前,minDis改變,最后結(jié)果混亂,這里傳遞一個可變對象進(jìn)來。
    kdNode:是構(gòu)造好的kd樹。
    closestPoint:是存儲最近點(diǎn)的可變對象,這里是array
    x:是要預(yù)測的實(shí)例
    minDis:是當(dāng)前最近距離。
    """
    if kdNode == None:
        return
    #計算歐氏距離
    curDis = (sum((kdNode.value[0:3]-x[0:3])**2))**0.5
    if minDis[0] < 0 or curDis < minDis[0] :
        i+=1
        minDis[0] = curDis 
        closestPoint[0] = kdNode.value[0]
        closestPoint[1] = kdNode.value[1]
        closestPoint[2] = kdNode.value[2]
        closestPoint[3] = kdNode.value[3]
        print(str(closestPoint)+" : "+str(i)+" : "+str(minDis))
    #遞歸查找葉節(jié)點(diǎn)
    if kdNode.value[kdNode.dimension] >= x[kdNode.dimension]:
        findClosest(kdNode.left,closestPoint,x,minDis,i)
    else:
        findClosest(kdNode.right, closestPoint, x, minDis,i) 
    #計算測試點(diǎn)和分隔超平面的距離,如果相交進(jìn)入另一個葉節(jié)點(diǎn)重復(fù)
    rang = abs(x[kdNode.dimension] - kdNode.value[kdNode.dimension])
    if rang > minDis[0] :
        return
    if kdNode.value[kdNode.dimension] >= x[kdNode.dimension]:
        findClosest(kdNode.right,closestPoint,x,minDis,i)
    else:
        findClosest(kdNode.left, closestPoint, x, minDis,i) 
測試:
data = file2matrix("datingTestSet2.txt")
data = np.array(data)
normDataSet = autoNorm(data)
sys.setrecursionlimit(10000)            #設(shè)置遞歸深度為10000
trainSet,testSet = np.split(normDataSet,[900],axis=0) 
kdTree = creat_kdTree(trainSet, 3, None, 0)
newData = testSet[1,0:3]
closestPoint = np.zeros(4)
minDis = np.array([-1.0])
findClosest(kdTree, closestPoint, newData, minDis)
print(closestPoint)
print(testSet[1,:])
print(minDis)
測試結(jié)果
[0.35118819 0.43961918 0.67110669 3.        ] : 1 : [0.40348346]
[0.11482037 0.13448927 0.48293309 2.        ] : 2 : [0.30404792]
[0.12227055 0.07902201 0.57826697 2.        ] : 3 : [0.22272422]
[0.0645755  0.10845299 0.83274698 2.        ] : 4 : [0.07066192]
[0.10020488 0.15196271 0.76225551 2.        ] : 5 : [0.02546591]
[0.10020488 0.15196271 0.76225551 2.        ]
[0.08959933 0.15442555 0.78527657 2.        ]
[0.02546591]

k近鄰搜索實(shí)現(xiàn)
在最近鄰的基礎(chǔ)上進(jìn)行改進(jìn)得到:
這里的closestPoint和minDis合并,一同處理
#k近鄰搜索
def findKNode(kdNode, closestPoints, x, k):
    """
    k近鄰搜索,kdNode是要搜索的kd樹
    closestPoints:是要搜索的k近鄰點(diǎn)集合,將minDis放入closestPoints最后一列合并
    x:預(yù)測實(shí)例
    minDis:是最近距離
    k:是選擇k個近鄰
    """
    if kdNode == None:
        return
    #計算歐式距離
    curDis = (sum((kdNode.value[0:3]-x[0:3])**2))**0.5
    #將closestPoints按照minDis列排序,這里存在一個問題,排序后返回一個新對象
    #不能將其直接賦值給closestPoints
    tempPoints = closestPoints[closestPoints[:,4].argsort()]
    for i in range(k):
        closestPoints[i] = tempPoints[i]
    #每次取最后一行元素操作
    if closestPoints[k-1][4] >=10000  or closestPoints[k-1][4] > curDis:
        closestPoints[k-1][4] = curDis
        closestPoints[k-1,0:4] = kdNode.value 
        
    #遞歸搜索葉結(jié)點(diǎn)
    if kdNode.value[kdNode.dimension] >= x[kdNode.dimension]:
        findKNode(kdNode.left, closestPoints, x, k)
    else:
        findKNode(kdNode.right, closestPoints, x, k)
    #計算測試點(diǎn)和分隔超平面的距離,如果相交進(jìn)入另一個葉節(jié)點(diǎn)重復(fù)
    rang = abs(x[kdNode.dimension] - kdNode.value[kdNode.dimension])
    if rang > closestPoints[k-1][4]:
        return
    if kdNode.value[kdNode.dimension] >= x[kdNode.dimension]:
        findKNode(kdNode.right, closestPoints, x, k)
    else:
        findKNode(kdNode.left, closestPoints, x, k)  
測試
data = file2matrix("datingTestSet2.txt")
data = np.array(data)
normDataSet = autoNorm(data)
sys.setrecursionlimit(10000)            #設(shè)置遞歸深度為10000
trainSet,testSet = np.split(normDataSet,[900],axis=0) 
kdTree = creat_kdTree(trainSet, 3, None, 0)
newData = testSet[1,0:3]
print("預(yù)測實(shí)例點(diǎn):"+str(newData))
closestPoints = np.zeros((3,5))         #初始化參數(shù)
closestPoints[:,4] = 10000.0            #給minDis列賦值
findKNode(kdTree, closestPoints, newData, 3)
print("k近鄰結(jié)果:"+str(closestPoints))
測試結(jié)果
預(yù)測實(shí)例點(diǎn):[0.08959933 0.15442555 0.78527657]
k近鄰結(jié)果:[[0.10020488 0.15196271 0.76225551 2.         0.02546591]
 [0.10664709 0.13172159 0.83777837 2.         0.05968697]
 [0.09616206 0.20475001 0.75047289 2.         0.06153793]]

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