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Python 性能分析入門指南

TesterHome / 2404人閱讀

摘要:內(nèi)存泄漏往往發(fā)生在即使該對(duì)象不再使用的時(shí)候,你的程序還持有對(duì)該對(duì)象的引用。最快速發(fā)現(xiàn)內(nèi)存泄漏的方式就是使用一個(gè)由編寫的非常好的稱為的工具。通過(guò)這些工具和技術(shù)的武裝,你應(yīng)該可以獲取所有要求追蹤大多數(shù)內(nèi)存泄漏以及在程序快速識(shí)別瓶頸的信息。

  

注: 本文的原作者是 Huy Nguyen ,原文地址為 A guide to analyzing Python performance

雖然并非你編寫的每個(gè) Python 程序都要求一個(gè)嚴(yán)格的性能分析,但是讓人放心的是,當(dāng)問(wèn)題發(fā)生的時(shí)候,Python 生態(tài)圈有各種各樣的工具可以處理這類問(wèn)題。

分析程序的性能可以歸結(jié)為回答四個(gè)基本問(wèn)題:

正運(yùn)行的多快

速度瓶頸在哪里

內(nèi)存使用率是多少

內(nèi)存泄露在哪里

下面,我們將用一些神奇的工具深入到這些問(wèn)題的答案中去。

time 粗粒度的計(jì)算時(shí)間

讓我們開(kāi)始通過(guò)使用一個(gè)快速和粗暴的方法計(jì)算我們的代碼:傳統(tǒng)的 unix time 工具。

 $ time python yourprogram.py
real    0m1.028s
user    0m0.001s
sys     0m0.003s

三個(gè)輸出測(cè)量值之間的詳細(xì)意義在這里 stackoverflow article,但簡(jiǎn)介在這:

real -- 指的是實(shí)際耗時(shí)

user -- 指的是內(nèi)核之外的 CPU 耗時(shí)

sys -- 指的是花費(fèi)在內(nèi)核特定函數(shù)的 CPU 耗時(shí)

你會(huì)有你的應(yīng)用程序用完了多少 CPU 周期的即視感,不管系統(tǒng)上其他運(yùn)行的程序添加的系統(tǒng)和用戶時(shí)間。

如果 sys 和 user 時(shí)間之和小于 real 時(shí)間,然后你可以猜測(cè)到大多數(shù)程序的性能問(wèn)題最有可能與 IO wait 相關(guān)。

timing context 管理器細(xì)粒度的計(jì)算時(shí)間

我們下一步的技術(shù)包括直接嵌入代碼來(lái)獲取細(xì)粒度的計(jì)時(shí)信息。下面是我進(jìn)行時(shí)間測(cè)量的代碼的一個(gè)小片段

timer.py

import time

class Timer(object):
    def __init__(self, verbose=False):
        self.verbose = verbose

    def __enter__(self):
        self.start = time.time()
        return self

    def __exit__(self, *args):
        self.end = time.time()
        self.secs = self.end - self.start
        self.msecs = self.secs * 1000  # millisecs
        if self.verbose:
            print "elapsed time: %f ms" % self.msecs

為了使用它,使用 Python 的 with 關(guān)鍵字和 Timer 上下文管理器來(lái)包裝你想計(jì)算的代碼。當(dāng)您的代碼塊開(kāi)始執(zhí)行,它將照顧啟動(dòng)計(jì)時(shí)器,當(dāng)你的代碼塊結(jié)束的時(shí)候,它將停止計(jì)時(shí)器。

這個(gè)代碼片段示例:

from timer import Timer
from redis import Redis
rdb = Redis()

with Timer() as t:
    rdb.lpush("foo", "bar")
print "=> elasped lpush: %s s" % t.secs

with Timer() as t:
    rdb.lpop("foo")
print "=> elasped lpop: %s s" % t.secs

為了看看我的程序的性能隨著時(shí)間的演化的趨勢(shì),我常常記錄這些定時(shí)器的輸出到一個(gè)文件中。

使用 profiler 逐行計(jì)時(shí)和分析執(zhí)行的頻率

羅伯特·克恩有一個(gè)不錯(cuò)的項(xiàng)目稱為 line_profiler , 我經(jīng)常使用它來(lái)分析我的腳本有多快,以及每行代碼執(zhí)行的頻率:

為了使用它,你可以通過(guò)使用 pip 來(lái)安裝它:

pip install line_profiler

安裝完成后,你將獲得一個(gè)新模塊稱為 line_profilerkernprof.py 可執(zhí)行腳本。

為了使用這個(gè)工具,首先在你想測(cè)量的函數(shù)上設(shè)置 @profile 修飾符。不用擔(dān)心,為了這個(gè)修飾符,你不需要引入任何東西。kernprof.py 腳本會(huì)在運(yùn)行時(shí)自動(dòng)注入你的腳本。

primes.py

@profile
def primes(n): 
    if n==2:
        return [2]
    elif n<2:
        return []
    s=range(3,n+1,2)
    mroot = n ** 0.5
    half=(n+1)/2-1
    i=0
    m=3
    while m <= mroot:
        if s[i]:
            j=(m*m-3)/2
            s[j]=0
            while j

一旦你得到了你的設(shè)置了修飾符 @profile 的代碼,使用 kernprof.py 運(yùn)行這個(gè)腳本。

kernprof.py -l -v fib.py

-l 選項(xiàng)告訴 kernprof 把修飾符 @profile 注入你的腳本,-v 選項(xiàng)告訴 kernprof 一旦你的腳本完成后,展示計(jì)時(shí)信息。這是一個(gè)以上腳本的類似輸出:

Wrote profile results to primes.py.lprof
Timer unit: 1e-06 s

File: primes.py
Function: primes at line 2
Total time: 0.00019 s

Line #      Hits         Time  Per Hit   % Time  Line Contents
==============================================================
     2                                           @profile
     3                                           def primes(n): 
     4         1            2      2.0      1.1      if n==2:
     5                                                   return [2]
     6         1            1      1.0      0.5      elif n<2:
     7                                                   return []
     8         1            4      4.0      2.1      s=range(3,n+1,2)
     9         1           10     10.0      5.3      mroot = n ** 0.5
    10         1            2      2.0      1.1      half=(n+1)/2-1
    11         1            1      1.0      0.5      i=0
    12         1            1      1.0      0.5      m=3
    13         5            7      1.4      3.7      while m <= mroot:
    14         4            4      1.0      2.1          if s[i]:
    15         3            4      1.3      2.1              j=(m*m-3)/2
    16         3            4      1.3      2.1              s[j]=0
    17        31           31      1.0     16.3              while j

尋找 hits 值比較高的行或是一個(gè)高時(shí)間間隔。這些地方有最大的優(yōu)化改進(jìn)空間。

它使用了多少內(nèi)存?

現(xiàn)在我們掌握了很好我們代碼的計(jì)時(shí)信息,讓我們繼續(xù)找出我們的程序使用了多少內(nèi)存。我們真是非常幸運(yùn), Fabian Pedregosa 仿照 Robert Kern 的 line_profiler 實(shí)現(xiàn)了一個(gè)很好的內(nèi)存分析器 [memory profiler][5]。

首先通過(guò) pip 安裝它:

$ pip install -U memory_profiler
$ pip install psutil

在這里建議安裝 psutil 是因?yàn)樵摪芴嵘?memory_profiler 的性能。

line_profiler 一樣, memory_profiler 要求在你設(shè)置 @profile 來(lái)修飾你的函數(shù):

@profile
def primes(n): 
    ...
    ...

運(yùn)行如下命令來(lái)顯示你的函數(shù)使用了多少內(nèi)存:

$ python -m memory_profiler primes.py

一旦你的程序退出,你應(yīng)該可以看到這樣的輸出:

Filename: primes.py

Line #    Mem usage  Increment   Line Contents
==============================================
     2                           @profile
     3    7.9219 MB  0.0000 MB   def primes(n): 
     4    7.9219 MB  0.0000 MB       if n==2:
     5                                   return [2]
     6    7.9219 MB  0.0000 MB       elif n<2:
     7                                   return []
     8    7.9219 MB  0.0000 MB       s=range(3,n+1,2)
     9    7.9258 MB  0.0039 MB       mroot = n ** 0.5
    10    7.9258 MB  0.0000 MB       half=(n+1)/2-1
    11    7.9258 MB  0.0000 MB       i=0
    12    7.9258 MB  0.0000 MB       m=3
    13    7.9297 MB  0.0039 MB       while m <= mroot:
    14    7.9297 MB  0.0000 MB           if s[i]:
    15    7.9297 MB  0.0000 MB               j=(m*m-3)/2
    16    7.9258 MB -0.0039 MB               s[j]=0
    17    7.9297 MB  0.0039 MB               while j


line_profilermemory_profiler 的 IPython 快捷命令

line_profilermemory_profiler 一個(gè)鮮為人知的特性就是在 IPython 上都有快捷命令。你所能做的就是在 IPython 上鍵入以下命令:

%load_ext memory_profiler
%load_ext line_profiler

這樣做了以后,你就可以使用魔法命令 %lprun%mprun 了,它們表現(xiàn)的像它們命令行的副本,最主要的不同就是你不需要給你需要分析的函數(shù)設(shè)置 @profile 修飾符。直接在你的 IPython 會(huì)話上繼續(xù)分析吧。

In [1]: from primes import primes
In [2]: %mprun -f primes primes(1000)
In [3]: %lprun -f primes primes(1000)

這可以節(jié)省你大量的時(shí)間和精力,因?yàn)槭褂眠@些分析命令,你不需要修改你的源代碼。

哪里內(nèi)存溢出了?

cPython的解釋器使用引用計(jì)數(shù)來(lái)作為它跟蹤內(nèi)存的主要方法。這意味著每個(gè)對(duì)象持有一個(gè)計(jì)數(shù)器,當(dāng)增加某個(gè)對(duì)象的引用存儲(chǔ)的時(shí)候,計(jì)數(shù)器就會(huì)增加,當(dāng)一個(gè)引用被刪除的時(shí)候,計(jì)數(shù)器就是減少。當(dāng)計(jì)數(shù)器達(dá)到0, cPython 解釋器就知道該對(duì)象不再使用,因此解釋器將刪除這個(gè)對(duì)象,并且釋放該對(duì)象持有的內(nèi)存。

內(nèi)存泄漏往往發(fā)生在即使該對(duì)象不再使用的時(shí)候,你的程序還持有對(duì)該對(duì)象的引用。

最快速發(fā)現(xiàn)內(nèi)存泄漏的方式就是使用一個(gè)由 Marius Gedminas 編寫的非常好的稱為 [objgraph][6] 的工具。
這個(gè)工具可以讓你看到在內(nèi)存中對(duì)象的數(shù)量,也定位在代碼中所有不同的地方,對(duì)這些對(duì)象的引用。

開(kāi)始,我們首先安裝 objgraph

pip install objgraph

一旦你安裝了這個(gè)工具,在你的代碼中插入一個(gè)調(diào)用調(diào)試器的聲明。

import pdb; pdb.set_trace()
哪個(gè)對(duì)象最常見(jiàn)

在運(yùn)行時(shí),你可以檢查在運(yùn)行在你的程序中的前20名最普遍的對(duì)象

pdb) import objgraph
(pdb) objgraph.show_most_common_types()

MyBigFatObject             20000
tuple                      16938
function                   4310
dict                       2790
wrapper_descriptor         1181
builtin_function_or_method 934
weakref                    764
list                       634
method_descriptor          507
getset_descriptor          451
type                       439
哪個(gè)對(duì)象被增加或是刪除了?

我們能在兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)之間看到哪些對(duì)象被增加或是刪除了。

(pdb) import objgraph
(pdb) objgraph.show_growth()
.
.
.
(pdb) objgraph.show_growth()   # this only shows objects that has been added or deleted since last show_growth() call

traceback                4        +2
KeyboardInterrupt        1        +1
frame                   24        +1
list                   667        +1
tuple                16969        +1
這個(gè)泄漏對(duì)象的引用是什么?

繼續(xù)下去,我們還可以看到任何給定對(duì)象的引用在什么地方。讓我們以下面這個(gè)簡(jiǎn)單的程序舉個(gè)例子。

x = [1]
y = [x, [x], {"a":x}]
import pdb; pdb.set_trace()

為了看到持有變量 X 的引用是什么,運(yùn)行 objgraph.show_backref() 函數(shù):

(pdb) import objgraph
(pdb) objgraph.show_backref([x], filename="/tmp/backrefs.png")

該命令的輸出是一個(gè) PNG 圖片,被存儲(chǔ)在 /tmp/backrefs.png,它應(yīng)該看起來(lái)像這樣:

盒子底部有紅色字體就是我們感興趣的對(duì)象,我們可以看到它被符號(hào) x 引用了一次,被列表 y 引用了三次。如果 x 這個(gè)對(duì)象引起了內(nèi)存泄漏,我們可以使用這種方法來(lái)追蹤它的所有引用,以便看到為什么它沒(méi)有被自動(dòng)被收回。

回顧一遍,objgraph 允許我們:

顯示占用 Python 程序內(nèi)存的前 N 個(gè)對(duì)象

顯示在一段時(shí)期內(nèi)哪些對(duì)象被增加了,哪些對(duì)象被刪除了

顯示我們腳本中獲得的所有引用

Effort vs precision

在這篇文章中,我展示了如何使用一些工具來(lái)分析一個(gè)python程序的性能。通過(guò)這些工具和技術(shù)的武裝,你應(yīng)該可以獲取所有要求追蹤大多數(shù)內(nèi)存泄漏以及在Python程序快速識(shí)別瓶頸的信息。

和許多其他主題一樣,運(yùn)行性能分析意味著要在付出和精度之間的平衡做取舍。當(dāng)有疑問(wèn)是,用最簡(jiǎn)單的方案,滿足你當(dāng)前的需求。

相關(guān)閱讀:

stack overflow - time explained

line_profiler

memory_profiler

objgraph

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