資訊專欄INFORMATION COLUMN
小編寫這篇文章的主要目的，主要是給大家去做一個解答，解答的內(nèi)容，主要是實現(xiàn)GATK多線程加速，那么，具體的一個操作手法是什么呢？怎么去實現(xiàn)加速呢？下面就給大家詳細(xì)解答下。
GATK變異分析
對于大數(shù)據(jù)樣本可能會比較慢，因此可以按照染色體拆分后進(jìn)行多線程并行計算。
下面是我寫的一個python多線程腳本，僅供參考，拙劣之處敬請指正。
#!/usr/bin/python3
import _thread
import os
import threading
import time
muthreads=[]
bam_file="a.mkdup.bam"
out_file_prefix="flower"
chr_list=["CHR01","CHR02","CHR03","CHR04","CHR05","CHR06","CHR07","CHR08","CHR09","CHR10","CHR11","CHR12","CHR13"]
for chr in chr_list:
threads_comonder_name="gatk HaplotypeCaller--intervals"+chr+"-R/mnt/j/BSA/02-read-align/Tifrunner2.fasta-I"+bam_file+"-ERC GVCF-O"+out_file_prefix+"-"+chr+".erc.g.vcf"
muthreads.append(threads_comonder_name)
exitFlag=0
class myThread(threading.Thread):
def __init__(self,threadID,name,counter,comander):
threading.Thread.__init__(self)
self.threadID=threadID
self.name=name
self.counter=counter
self.comander=comander
def run(self):
print("開始線程："+self.name)
print_time(self.name,self.counter,5,self.comander)
print("退出線程："+self.name)
def print_time(threadName,delay,counter,comander):
#while counter:
if exitFlag:
threadName.exit()
time.sleep(delay)
print(comander)
os.system(comander)#調(diào)用操作系統(tǒng)命令行處理數(shù)據(jù)
#counter-=1
#創(chuàng)建新線程
threadlist=[]
for i,threadsnu in enumerate(muthreads[0:11]):
print(i)
print(threadsnu)
threadsnew=myThread(1,"Thread-"+str(i),2,threadsnu)
threadlist.append(threadsnew)
#開啟新線程
for threads in threadlist:
threads.start()
for threads in threadlist:
threads.join()
print("運行結(jié)束退出主線程")下面的來自網(wǎng)絡(luò)未驗證
多條染色體的同樣本的vcf文件合并
#for i in{1..22}X Y;do echo"-I final_chr$i.vcf"'';done
#for i in{10..19}{1..9}M X Y;do echo"-I final_chr$i.vcf"'';done
module load java/1.8.0_91
GATK=/home/jianmingzeng/biosoft/GATK/gatk-4.0.3.0/gatk
$GATK GatherVcfs
-I final_chr1.vcf
-I final_chr2.vcf
-I final_chr3.vcf
-I final_chr4.vcf
-I final_chr5.vcf
-I final_chr6.vcf
-I final_chr7.vcf
-I final_chr8.vcf
-I final_chr9.vcf
-I final_chr10.vcf
-I final_chr11.vcf
-I final_chr12.vcf
-I final_chr13.vcf
-I final_chr14.vcf
-I final_chr15.vcf
-I final_chr16.vcf
-I final_chr17.vcf
-I final_chr18.vcf
-I final_chr19.vcf
-I final_chr20.vcf
-I final_chr21.vcf
-I final_chr22.vcf
-I final_chrX.vcf
-I final_chrY.vcf
-O merge.vcf合并的時候需要注意，vcf文件的順序跟每個vcf文件里面頭文件順序是相同的。
綜上所述，這篇文章就給大家介紹到這里了，希望可以給大家?guī)韼椭?/p>
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